Dès le 3ième siècle avant JC, les Tamouls, venus du sud de l’Inde, multiplièrent les invasions et finirent par réussir à s’approprier Anuradhapura et Elara. Un général de la dynastie des cholas (une dynastie tamoul) régna alors en maître absolu sur la ville pendant plus de 40 ans. En 161 avant notre ère, Dutugemunu, un roi cinghalais, réussit à tuer le général tamoul après quinze ans de conflits et il fit d’Anuradhapura sa capitale administrative. Sous son règne, la ville devint rapidement le foyer culturel et économique d’une des civilisations les plus brillantes de l’antiquité asiatique, regorgeant de palais de temples et de monastères. Des monuments aussi impressionnants que le palais des bonzes, les dagoba de Mirisavati et Ruvanelisaya, les différentes stûpas que l’on retrouve dans la ville furent construites à cette époque. Au niveau technologique également, la ville connue de grandes avancées telles que le système de canaux, de barrages, de réservoirs et de déversoirs très élaborés.